Bosco Mesola è situato nel Delta del Po in Provincia di Ferrara. Il suo territorio interamente pianeggiante è posto in gran parte sotto il livello del mare, e sono ancora visibili i cordoni dunosi che rappresentano antiche linee di costa, in particolare nella Riserva naturale Bosco della Mesola.
Il paese si trova a nord dell’ex ramo del Po denominato Po di Volano e a sud del ramo deltizio Po di Goro, che rappresenta il confine fra Veneto ed Emilia-Romagna, oltre che il confine del Comune di Mesola. Il territorio, un tempo in gran parte vallivo, è stato oggetto di vari interventi di bonifica. Prima gli Estensi nel XVI secolo, poi la Società Bonifiche Terreni Ferraresi nella seconda metà dell’Ottocento e da ultimo l’Ente Delta Padano hanno realizzato una grande opera fatta di canali, chiaviche e idrovore a cui viene affidato il quotidiano governo delle acque. Sono presenti dei fortini risalenti alla Seconda guerra mondiale.